Munkestuen er et af de ældste rum i Vor Frue Kloster, beliggende i det nordvestlige hjørne af komplekset. Rummets historie rækker 750 år tilbage. I midten af 1990’erne besluttede menighedsrådet at
gennemføre en nænsom, men alligevel gennemgribende, restaurering således at rummet kunne indgå i kirkens daglige liv.
Der er indrettet toilet og tekøkken således at rummet nu kan anvendes til møder, studiekredse o.l. Derudover anvendes rummet til meditationsgudstjenester samt til kirkekaffe efter søndagens højmesse.